XVII—XIX
20 января 1604 года в Москву с посольством ко двору русского царя Бориса Годунова приехали послы во главе с князем татарского племени эушта Тояном, с просьбой о приёме эуштинского племени под власть Москвы и о возведении на реке Томи русского города для защиты эуштинцев от нападений воинственных соседей — киргизов и калмыков.
25 марта 1604 года Борис Годунов послал казачьего голову Гаврилу Писемского из Сургута и стрелецкого голову Василия Тыркова из Тобольска с заданием основать крепость на берегу реки Томи, в татарской земле, завести вокруг него государеву пашню и привести в подданство российскому царю окрестные народы.
Томский острог был основан на южном мысу Воскресенской горы, возвышающейся над правым берегом Томи, в 60 км от её впадения в Обь и недалеко от устья таёжной речки Ушайки. К 7 октября 1604 года все строительные работы были завершены и эта дата и считается днём рождения Томска (День города отмечается 7 июня, так как осенью плохая погода часто мешает проведению праздника). Он стал важным стратегическим военным центром, в течение всего XVII века обеспечивавшим безопасность местного населения — в 1614, 1617, 1657 и 1698 годах отражал набеги кочевников.
В XVIII веке границы российского государства отодвинулись далеко на юг и восток, местные кочевые племена были усмирены, и Томск потерял своё оборонительное значение. Начиная с середины XVIII века и вплоть до советских времён Томск становится местом ссылки. Так, здесь были в ссылке Ибрагим Ганнибал, Гавриил Батеньков, Михаил Бакунин, Николай Эрдман, Густав Шпет, Николай Клюев.
В 1719 году Томск был причислен к Енисейской провинции, в 1726 году — к Тобольской, а в 1782 году получил статус областного города Тобольского наместничества.
После создания Сибирского тракта Томск стал важным центром транзитной торговли, в 1738 году в Томске возникает Ямская служба. Постепенно город вырос до статуса регионального административного центра и в 1804 году стал центром огромной Томской губернии, которая включала в себя территории нынешних Республики Алтай, Алтайского края, Кемеровской, Новосибирской и Томской областей, Восточно-Казахстанской области (Казахстан) и часть Красноярского края.
В начале XIX века для обеспечения больших перспектив развития города был создан генеральный план развития: Первоначальный проект перепланировки и планировочного развития города, составленный томским землемером С. Зверевым в 1820—1824 годах, был предоставлен для экспертизы в бюро В. Гесте в 1824 году. Гесте внёс правки в проект и вернул его «для проверки с местным положением» в Томск. Вариант, предложенный петербургским градостроителем, был рассмотрен в Томске и высказаны замечания по вопросу учёта в нём особенностей рельефа и других местных природных условий. Проект вновь был препровождён в Петербург, где уточнялся в бюро «по замечаниям из Томска» до 1830 года.
Проект предполагал существенное увеличение площади городской территории, «в основу планировки была положена… веерная схема, отвечавшая сложным условиям рельефа местности». В южной части города, на Юрточной горе, был запроектирован новый общегородской центр, в ансамбле которого комплекс крупномасштабных административных зданий должен был сформировать примыкающую к Почтамтской улице главную городскую площадь и центром её композиции должен был стать православный собор. После окончательного согласования на месте, генеральный план города 8 августа 1830 года был утверждён императором Николаем I.
Начиная с конца 1830-х годов население Томска быстро росло благодаря увеличивающейся золотодобыче в Сибири. 22 ноября 1888 Томский губернский суд рассмотривал уголовное дело об участии томских купцов-виноторговцев в сговоре по цене. В деле в качестве обвиняемых фигурировало 11 купцов, в том числе и городской голова Евграф Королев. Он был осужден и отсидел в тюрьме 1,5 месяца, но оставался градоначальником до 1890 года.
При строительстве Транссибирской железнодорожной магистрали место для моста через реку Обь было выбрано значительно южнее Томска. В результате в районе этой переправы образовалось поселение, которое затем выросло в город Новосибирск. Томск же оказался в стороне от железной дороги, и хотя в 1896 году была проложена железнодорожная ветка до Томска, она являлась тупиковой и город потерял значение транспортного узла.
Советский период
Советская власть в Томске была провозглашена 6 (19 декабря) 1917 года, а 26 января (8 февраля) 1918 года Томский горсовет распустил Сибирскую областную думу. В результате мятежа Чехословацкого корпуса 31 мая 1918 года Томск перешёл под власть белогвардейцев, а 22 декабря 1919 года Красная Армия окончательно установила советскую власть в городе. Последним городским головой был Александр Грацианов. После окончания Гражданской войны Томск вошёл в состав Сибирского края, позднее преобразованного в Западно-Сибирский край, а в 1937 году Томск на 7 лет стал городом Новосибирской области. Период с 1918 по 1944 год был временем откровенного упадка Томска, падением его регионального статуса, произошёл мощный отток населения в быстрорастущий Новосибирск и другие города, расположенные на ТрансСибе. Томск на себе сполна почувствовал, что такое быть уездным городком, райцентром с так называемым финансированием по остаточному принципу. Город был без индустриальных предприятий, без удобных транспортных коммуникаций, постепенно сворачивалась культурная жизнь. В этой ситуации опорой стали крепкие со времён Российской империи Томский государственный университет и Технологический институт.
Во время Великой Отечественной войны в Томск было эвакуировано около 30 предприятий из европейской части России, которые и стали основой промышленности города: за годы войны объём промышленного производства в Томске утроился. Изменился и административный статус города — 13 августа 1944 года была образована Томская область и Томск стал областным центром. 229 тыс. томичей воевали на фронтах, из них 63,6 тыс. погибли, а 176 были удостоены звания Героя Советского Союза.
До 1960-х Томск продолжал влачить незавидное существование заштатного, провинциального города. По мнению ряда российских и зарубежных историков импульс динамичного, стремительного развития город получил при правлении Томской областью первого секретаря обкома КПСС Егора Лигачёва. В это время развиваются основные стратегические позиции: научно-образовательный комплекс, с нуля создаётся в Томской области нефтяная промышленность, в городе разворачивается оборонное производство современной (1960-е) военной электроники, часть возможностей закрытого предприятия советского атомного проекта (Пятый почтовый) направляется на решение проблем томичей, вокруг города разворачивается созвездие предприятий АПК для продовольственной безопасности томичей , создаётся мощная база предприятий строительной индустрии, но, главное, Томск получает мощное культурное развитие. В Томск со всей страны приглашаются художники, поэты, театральные деятели и деятели кино, вводятся новые кинотеатры («Родина» в Томске, «Россия» в Северске), вводится крытый ледовый стадион Дворец Спорта). Улучшается облик города, особое внимание — архитектуре.
В Томске сохранилось большое количество памятников деревянного зодчества, созданных в основном в конце XIX века, однако со временем их число становится всё меньше. В 1970 году городу был присвоен статус исторического города. В ходе Перестройки были сняты ограничения на посещение города иностранцами.
